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佐佐木小次郎在剑豪钟卷自斋的指导下，日以继夜地进行修炼。钟卷自斋为了熟练掌握一尺五寸的小太刀，让小次郎作为练习对象，手持三尺多的大太刀与他对战。在这样的训练中，小次郎不知不觉间成为了大太刀的名家，并成长为连师傅都感到惊讶的剑士。

小次郎不仅学习了师傅的剑术，还逐渐萌生了创立自己剑法的想法。在游戏开始时，佐佐木小次郎被钟卷自斋授予钟卷流的印可，并获得了长达93公分的大太刀“物干竿”。来到长滨之町（或者其他任何京之外的城镇），向村民打听附近有名的剑豪，得知以下信息：

曾为足利将军家担任兵法指南役的吉冈宪法一门。现任师范是吉冈清十郎，而他的弟弟传七郎据说更为强大。此外，还有柳生新银流的柳生石舟斋，他的儿子柳生宗矩以及孙子柳生利严；

一刀流的伊藤一刀斋及其弟子小野忠明；

在谈及以上三家之后，浪人突然提到“还有一个人”，令佐佐木小次郎感到惊讶，更让他惊讶的是浪人说“正是在下”。

在两人交流时，互相报上了姓名，得知这个浪人名叫宫本武藏。武藏离开后，小次郎决定前往京之町寻找吉冈一门。在京町中打听吉冈道场的位置时，路人误以为小次郎是来踢馆的，小次郎轻松地表示：“这样的挑战对我来说，未免太简单了。”然而，这番话被路过的吉冈道场的师范代听见了，经过一番口舌之争后，两人开始交手。区区一个师范代自然不是小次郎的对手，正当小次郎戏谑战败的师范代时，吉冈传七郎出现了。本以为会有一场大战，没想到传七郎却因门下弟子的无礼向小次郎道歉，并邀请小次郎去道场休息。来到道场后，小次郎与传七郎按照街头约定比试，毫无悬念地获胜。小次郎心中认为传七郎不是自己的对手，传七郎则告诉小次郎，他的哥哥清十郎应该与小次郎旗鼓相当，于是小次郎准备见见清十郎。不久之后，他发现清十郎在与宫本武藏比试中失败，重伤不治而亡。悲愤的传七郎请求小次郎帮他作为见证人，将挑战书交给武藏，小次郎自然答应。出町后，他在另一个城镇遇到了武藏，把挑战书交给武藏后便返回京町。

进入吉冈道场后，目睹武藏击败了吉冈一门，小次郎决心击败武藏，并前往江户城寻找剑豪。在江户城，他得知德川家的兵法指南役小野忠明实力强大，于是上门挑战。由于兵法指南役不能与其他流派比武，小次郎只得用激将法逼迫忠明出手。小野忠明在请小次郎保密此事后，终于肯出手。击败小野忠明后，小野认为小次郎的剑术过于混沌锋利，真正强大的剑术应是「无我之剑」。小次郎认为败者之言不足采信，在答应保密后奚落了小野忠明一番，扬长而去。之后，小次郎开始了自己的修行，所谓修行就是不断地挑战对手，一个巧妙的办法是在酒馆接助阵的任务，然后按常规作战，一次便能胜五场。连胜达到11场后，在任意城镇可能会遭遇流氓抢夺物干竿的事件。小次郎因武藏在旁观战，便用自创的秘技「燕返」击败对手，并同时向武藏下了战书，自创了「严流」。之后可以继续挑战对手，如果对与武藏的战斗没有信心，可以在六月参加京举行的天览武会，有了好的装备便无所畏惧。18连胜后，在城镇中遇到细川忠兴，他邀请小次郎加入细川家，小次郎提出担任家老的要求，细川忠兴欣然同意。

然而，担任家老并非易事，忠兴要求小次郎击败宫本武藏以证明自己的实力，并为两人安排了决斗地点——舟岛。

小次郎前往赤间关之町，在旅店恢复体力后出发，与宫本的宿命对决开始！

击败宫本武藏后，小次郎获得了秘技「二刀流」。

当出现选择时，可以选择成为细川家的家臣或拒绝。如果同意加入，则会成为细川的家老（年仅14岁）。接下来，剧情便不再继续。

若选择拒绝，则回到自己的住所，感到一阵迷茫。突然间，注意到地板上有一个包裹，那是武藏留给小次郎的，其中还有一封信：

致佐佐木小次郎

如果你此时正在阅读这封信，意味着我已经败给你了。也无可奈何，阁下确实很强。然而，单单追求最强并非剑道的本质。我尝试将多年来的修行心得写成一本书，名为《五轮书》。若你不介意这是败者的感悟，希望你能阅读此书，它对你一定会有所帮助。阁下是我最畏惧的对手，同时也是最好的朋友和师父。希望通过这本书，你能精进剑术，更好地修炼人生。

宫本武藏

接下来可以选择继续游戏或观看小次郎的结局。继续游戏的话，剧情不会有太大变化，所以可以选择观看结局。

小次郎在晚年时回到肥后国，成为细川忠利的兵法指导。他在熊本城外获得了一座道馆，并将武藏的《五轮书》传承给后人。

宫本武藏与佐佐木小次郎，这两位杰出的剑豪所发展的新流派，造就了在近代剑道史上声名显赫的剑客们，开启了一个盛世。